মুক্তি পাওয়ার পর আমার দেশের সাবেক সহকর্মীসহ বিভিন্ন শ্রেণি-পেশার মানুষ মাহমুদুর রহমানকে ফুল দিয়ে বরণ করেন। এসময় ডক্টরস অ্যাসোসিয়েশন অব বাংলাদেশের (ড্যাব) সাবেক মহাসচিব ও বিএনপি চেয়ারপারসনের উপদেষ্টা এ জেড এম জাহিদ হোসেন, কলামিস্ট ফরহাদ মজহার, বিএনপি চেয়ারপারসনের উপদেষ্টা ফরহাদ হালিম ডোনার, বিএফইউজে’র একাংশের মহাসচিব রুহুল আমিন গাজী, বিএনপির বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিষয়ক সম্পাদক ইঞ্জিনিয়ার রিয়াজুল ইসলাম রিজু, সহ প্রচার সম্পাদক কৃষিবিদ শামীমুর রহমান শামীম, সহ বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিষয়ক সম্পাদক ইঞ্জিনিয়ার আফজাল হোসেন সবুজ, কেন্দ্রীয় নির্বাহী সদস্য ডা. মাজহারুল আলম, গাজীপুর পৌর বিএনপির সাবেক সভাপতি হালিমুজ্জামান ননি ও ছাত্রদলের কেন্দ্রীয় সহ সাংগঠনিক সম্পাদক নুরুল হুদা নুরু প্রমুখ উপস্থিত ছিলেন।
২০১৩ সালে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালে জামায়াতে ইসলামীর নেতা দেলাওয়ার হোসাইন সাঈদীর রায় নিয়ে বিচারপতির কথোপকথন-সংক্রান্ত স্কাইপ কেলেঙ্কারির ঘটনা পত্রিকায় প্রকাশ করায় মাহমুদুর রহমানের বিরুদ্ধে  মামলা করা হয়। একই বছর ১১ এপ্রিল দৈনিক আমার দেশ কার্যালয় থেকে তাকে তথ্যপ্রযুক্তি আইনে গ্রেপ্তার করা হয়।