আমীরের পারিবারিক সূত্রে জানা গেছে, চট্টগ্রামের সিএসসিআর হাসপাতালে চিকিৎসাধীন ছিলেন তিনি। শারীরিক দুর্বলতা অনুভব করায় শাহ্‌ আহমদ শফীকে গত ১৮ই মে হাসপাতালে ভর্তি করা হয়। চট্টগ্রাম মহানগরীর সিএসসিআর হাসপাতাল সূত্রে জানা গেছে, এই হাসপাতালে মেডিসিন বিশেষজ্ঞ ডা. গোফরানুল হক, নিউরো মেডিসিন বিশেষজ্ঞ ডা. হাসানুজ্জামান এবং হৃদরোগ বিশেষজ্ঞ ডা. ইবরাহিম চৌধুরীর তত্ত্বাবধানে হেফাজত আমীরকে চিকিৎসা  দেয়া হয়। সিএসসিআর হাসপাতালে আহমদ শফীর রক্তচাপ বার বার কমে যাওয়ায় এবং ফুসফুসে পানি দেখা যাওয়ায় ২১শে মে থেকে তাকে ইনটেনসিভ কেয়ার ইউনিটে (আইসিইউ) রেখে চিকিৎসা দেয়া হয়। পরবর্তীতে চট্টগ্রামের বিশেষজ্ঞ ডাক্তারদের মেডিকেল বোর্ডের মাধ্যমে তার শরীরে  পেসমেকার স্থাপন করা হয়। এতে রক্তচাপ স্বাভাবিক ও ফুসফুসের পানি সরে গেলেও শারীরিক দুর্বলতা স্বাভাবিক হচ্ছিল না। গত ১লা জুন আহমদ শফীকে আইসিইউ থেকে সাধারণ কেবিনে আনার তিনদিনের মাথায় শারীরিক অবস্থার অবনতি ও পুনরায় ফুসফুসে পানি জমে শ্বাসকষ্ট দেখা গেলে আবারও তাকে আইসিইউতে নেয়া হয়। এরপর আরও উন্নত চিকিৎসার লক্ষ্যে গতকাল তাকে ঢাকায় আনা হয়। গত ২১শে মে থেকে শাহ আহমদ শফী মুখে খাবার নিতে পারছেন না। তাকে রাইস টিউবের মাধ্যমে তরল খাবার দেয়া হচ্ছে।

হেফাজতে ইসলামের সাংগঠনিক সম্পাদক মাওলানা আজিজুল হক ইসলামাবাদী বিষয়টি নিশ্চিত করে গতকাল বিকালে মানবজমিনকে বলেন, আল্লামা আহমদ শফীর বয়স বর্তমানে ৯০ এর কাছাকাছি। তিনি বার্ধক্যজনিত দুর্বলতার পাশাপাশি ডায়াবেটিস, উচ্চ রক্তচাপ ও শ্বাসকষ্টে ভুগছেন। গত ১৮ই মে হঠাৎ করেই বেশি অসুস্থ হয়ে পড়ায় তাঁকে হাসপাতালে ভর্তি করা হয়েছিল।
আজিজুল হক আরো বলেন, এতদিন তার কোনো অবস্থার উন্নতি হয়নি। মাঝে যা একটু হয়েছিল পরে তার অবনতি হয়। আমরা হেফাজতের আমীরের সুস্থতা কামনা করে দেশবাসীর কাছে দোয়া চেয়েছি।