আরিফ ২০০৮ সাল থেকে খুলনা জেলা কারাগারে রয়েছেন। জামাআতুল মুজাহিদীন বাংলাদেশের (জেএমবি) জঙ্গিদের আত্মঘাতী বোমা হামলায় ২০০৫ সালের ১৪ নভেম্বর ঝালকাঠির দুই বিচারক নিহত হন। ওই দিন সকাল নয়টার দিকে সরকারি বাসা থেকে জেলা জজ আদালতে যাওয়ার পথে দুই বিচারককে বহনকারী মাইক্রোবাসে হামলা চালানো হয়। হামলার পর ঘটনাস্থলেই মারা যান জ্যেষ্ঠ সহকারী জজ সোহেল আহম্মেদ এবং বরিশাল শেরেবাংলা মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে নেওয়ার পথে মারা যান জ্যেষ্ঠ সহকারী জজ জগন্নাথ পাঁড়ে। আহত অবস্থায় ধরা পড়েন হামলাকারী জেএমবির সদস্য ইফতেখার হাসান আল মামুন।
পরে জেএমবির অন্যান্য শীর্ষ নেতারা আটক হন। জঙ্গিদের ঝালকাঠি এনে জেলা জজ আদালতে চাঞ্চল্যকর এ মামলার বিচারকাজ চলে। ২০০৬ সালের ২৯ মে ঝালকাঠির অতিরিক্ত জেলা ও দায়রা জজ রেজা তারিক আহম্মেদ জেএমবির শীর্ষ নেতা শায়খ আবদুর রহমান, সিদ্দিকুল ইসলাম ওরফে বাংলাভাই, শায়খের ভাই আতাউর রহমান সানি, জামাতা আবদুল আউয়াল, ইফতেখার হোসেন মামুন, খালেদ সাইফুল্লাহ (ফারুক) ও আসাদুল ইসলাম আরিফকে ফাঁসির আদেশ দেন। দেশের বিভিন্ন কারাগারে ২০০৭ সালের ২৯ মার্চ ছয় জঙ্গির মৃত্যুদণ্ড কার্যকর হয়।
এদের মধ্যে আরিফ পলাতক থাকায় সে সময় আপিলের সুযোগ পাননি। বাকি ছয় জঙ্গির ডেথ রেফারেন্সের শুনানি শেষে ২০০৬ সালের ৩১ আগস্ট তাঁদের মৃত্যুদণ্ডাদেশ বহাল রাখেন উচ্চ আদালত। ওই বছরের ২৮ নভেম্বর তৎকালীন প্রধান বিচারপতি সৈয়দ জে আর মোদাচ্ছির হোসেনের নেতৃত্বে আপিল বিভাগের পূর্ণাঙ্গ বেঞ্চ হাইকোর্টের মৃত্যুদণ্ডাদেশের বিরুদ্ধে ছয় জঙ্গির জেল আপিল খারিজ করে দেন।
পরের বছর ৪ মার্চ রাষ্ট্রপতি ছয় জঙ্গির প্রাণভিক্ষার আবেদন নাকচ করে দিলে ২৯ মার্চ রাতে দেশের বিভিন্ন কারাগারে ছয় জঙ্গির ফাঁসি কার্যকর করা হয়। ছয় শীর্ষ জঙ্গির ফাঁসি কার্যকর হওয়ার পর ২০০৭ সালের ১০ জুলাই এ মামলায় আরিফ ময়মনসিংহ থেকে গ্রেপ্তার হন। ওই বছর জুলাই মাসে হাইকোর্টে আপিল করেন তিনি। শুনানি শেষে হাইকোর্ট তাঁর মৃত্যুদণ্ড বহাল রাখেন। পরে আপিল বিভাগেও তাঁর সাজা বহাল থাকে। আপিল বিভাগের দেওয়া মৃত্যুদণ্ড বহালের রায় পুনর্বিবেচনার জন্য আরিফ যে আবেদন করেছিলেন, গত ২৮ আগস্ট প্রধান বিচারপতি সুরেন্দ্র কুমার সিনহার নেতৃত্বে পাঁচ বিচারপতির বেঞ্চ তা খারিজ করেন।
এদিকে, আরিফের মৃত্যুদণ্ডের মাধ্যমে এক যুগ পর খুলনা কারাগারে কোনো দণ্ডিতের ফাঁসি কার্যকর হতে যাচ্ছে। সর্বশেষ ২০০৪ সালের ১০ মে খুলনা জেলা কারাগারে শীর্ষ সন্ত্রাসী এরশাদ শিকদারের ফাঁসি কার্যকর করা হয়।